Dvopredmetni studij muzikologije ostvaruje se kao usporedni studij dvopredmetnog programa muzikologije i odabranoga studijskog programa Filozofskog fakulteta ili Hrvatskih studija Sveučilišta u Zagrebu. Studijem se stječu osnovna i napredna znanja s područja historijske muzikologije, sistematske muzikologije i etnomuzikologije, dok se istodobno utvrđuju i produbljuju znanja i vještine iz glazbeno-teorijskih predmeta. Kombinacijom dvaju studijskih programa s dviju sastavnica Sveučilišta studentima se otvara mogućnost usvajanja i produbljivanja specifičnih znanja koja mogu pridonijeti interdisciplinarnosti njihova pristupa i/ili užoj specijalizaciji za pojedina područja znanosti o glazbi.

Izborne sadržaje, koji se nude studentima jednopredmetnog i dvopredmetnog studija, čine predmeti koji produbljuju i/ili proširuju stečena znanja i predmeti koji donose sasvim nove sadržaje. Izborni modul pedagoških predmeta uvodi studente u temeljna teorijska i praktična znanja iz glazbene pedagogije, a modul kulturnog menadžmenta u znanja s odgovarajućeg područja. Studenti su, pored izbornih predmeta koji se predaju na Muzičkoj akademiji, u mogućnosti birati i predmete koji se predaju na drugim sastavnicama Sveučilišta, te tako dijelom oblikovati studij prema vlastitim interesima.

Studij (jednopredmetni i dvopredmetni) završava polaganjem svih ispita te javnom obranom samostalno izrađenoga diplomskog rada pred stručnim povjerenstvom.

Kompetencije koje se stječu studijem 

Završetkom Integriranoga dvopredmetnog studija magistri muzikologije osposobljeni su za rad u javnim medijima (tiskanim i elektroničkim), glazbenom izdavaštvu, bibliotekama i arhivima te srednjoškolskom obrazovanju; za producentske i organizacijske poslove u kulturi; te djelovanje u znanstvenim institutima i zavodima koji se bave istraživanjima na području muzikologije, etnomuzikologije i srodnih znanosti.